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開基は文禄元（1592）年、善住院日遥（ぜんじゅういんにちよう）上人による。
元は猿沢にあった寺と伝えられ、隣寺の経王寺の末寺と『村上寺社旧例記』にある。

本尊の釈迦如来は仏教の始祖で、多宝如来は法華経の真実義を証明するために地より湧出した仏である。もう一躯の鬼子母神は、子の養育を助け、法華経を弘める行者を守護する神という。

本堂に用いられている柱材などは、天保年間（1830～1844）に村上城の居館を解体、再建したときに払い下げられたものを用いたと伝えられている。
（「城下町村上 寺社の由来」より）