創立不詳、寺伝ではもと寺尾にあったが、のち大平（おおだいら）に移り、慶安元（1648）年に現在地に移ったという。
また明治16（1883）年の記録では、はじめ瀬波小六町にあり齢洲庵（れいしゅうあん）といった寺であったが、元和4（1618）年9月に水害に遭い、現在地に移ったとある。
開山は耕雲寺廿世 壽遭（じゅそう）大和尚で耕雲寺の末寺である。寺号もそのとき善福寺に改めたとある。
文政9（1826）年6月13日、火災のため全焼。翌年6月18日に再建された。小六町は大龍寺の裏手、河岸段丘下にあったとの伝承がある。
●曹洞宗
大平山 善福寺（たいへいざん ぜんぷくじ）
所在地 村上市瀬波中町5-5